ぶっちゃけ、なんでこれで上手くいくかわからんけど、LUAのネイティブプラグインを作る時に、そのXCodeプロジェクトでいくつか設定が必要。
◯BuildSettings
・Architectures
→arm64 とだけにする
・Build Active Architexture Only
→No
◯Build Options
・Enable BitCode
→Yes
この辺やらないで作ったDLLでUnityのIOSビルドすると、XCode側のビルド終了間際に、そのDLLはarm64対応してる?だとか、BitCode EnableはYesになってる?的なことを指摘されるエラーが出るので、注意。